Isu antara Ferry Irwandi dan Satuan Siber TNI bermula ketika Komandan Satuan (Dansat) Siber TNI, Brigjen Juinta Omboh Sembiring, mendatangi Polda Metro Jaya untuk berkonsultasi mengenai dugaan tindak pidana yang dilakukan oleh Ferry Irwandi.

Pihak TNI menduga Ferry Irwandi melakukan pencemaran nama baik institusi TNI. Dugaan ini diduga terkait dengan video yang diunggah oleh Ferry yang membahas tentang algoritma, dan juga video yang menampilkan diskusi di salah satu televisi nasional di mana Ferry menunjukkan cuplikan video yang menggambarkan kerusuhan dengan dugaan keterlibatan anggota TNI.

Menanggapi hal tersebut, Ferry Irwandi menyatakan belum mengetahui secara pasti dugaan tindak pidana apa yang dimaksud. Ia membantah bahwa dirinya tidak bisa dihubungi oleh pihak TNI. Ferry juga menyatakan kesiapannya untuk menghadapi proses hukum.

Sementara itu, pihak Polda Metro Jaya mengungkapkan bahwa berdasarkan putusan Mahkamah Konstitusi (MK), institusi tidak bisa menjadi pelapor dalam kasus pencemaran nama baik. Pelaporan harus dilakukan oleh perorangan.

Beberapa pihak, seperti Koalisi Masyarakat Sipil dan Komisi I DPR, mengkritik langkah TNI ini. Mereka menilai bahwa tindakan tersebut dapat memperkuat gejala militerisasi di ruang siber dan melampaui kewenangan TNI, yang seharusnya fokus pada pertahanan siber, bukan mengawasi urusan sipil.